Gérer un arrêt de travail d'une année !

Bonjour!!
J’ai une question un peu spécifique, je dois être opéré pour une prothèse de vertèbre, cela impliquera 1an d’arrêt de travail, je me pose donc légitimement la question des indemnités maladie sachant que je ne sais absolument pas comment cela fonctionne!

Actuellement je suis demandeur d’emploi en activité principal et AE en activité secondaire. Je dégage environ 2400€/mois de CA, pôle emploi complète donc.

Je suis demandeur d’emploi depuis juillet 2013 à 43€/jour avec un an et demi de droit, réduit à 15 mois en AE (fin en sep/oct 2014).

–> Quels seront mes indemnités en arrêt maladie si opération en novembre?

–> J’ai une proposition d’abandonner ma situation actuelle (pole emploi + AE) pour un CDI salarié à 25/30k€/an, ce cas serait il plus avantageux concernant les indemnités en arrêt maladie si opération en novembre (donc environ 3 mois de CDI)?

Merci de votre aide et compréhension!